La historia de NISA esta ligada a la familia Menéndez, sus actuales accionistas, y se remonta al año 1875 cuando inicia sus actividades en Punta Arenas, el inmigrante asturiano don José Menéndez y Menéndez en los rubros de comercio general, ganadería y naviero, dando origen a una de las casas comerciales más importantes de la región.
El auge de la actividad ganadera en la Patagonia Chileno Argentina, producto del éxito alcanzado por la crianza ovina en la zona, fue aprovechado por José Menéndez para desarrollar un próspero negocio naviero. En un comienzo la actividad se centró en el transporte de animales para poblar las diferentes estancias de la zona, varias de ellas de propiedad del mismo Menéndez. Para eso, adquiere en 1892 el famoso Amadeo, primer buque a vapor matriculado en Punta Arenas, el cual fue varado en la playa San Gregorio el 28 de mayo de 1932 y que permanece en el mismo sitio como patrimonio cultural de la región magallánica.
NISA, fue constituida el 09 de Junio de 1961, año en el cual, por encargo del Presidente de la CCNI, don Julio Menéndez Prendez, se iniciaron los estudios de factibilidad del transporte de gas licuado que culminó con la asociación de GAZOCEAN de Francia, dando origen el año 1961 a Naviera Interoceangas S.A (NISA), para dedicarse al transporte de dicho combustible entre Cabo Negro, en Magallanes, y San Vicente, en la zona central del país, con las naves gaseras "Galileo" y "Copérnico", especialmente construidas para este efecto; tráfico que desarrolló hasta 1983.
En 1974 NISA adquirió el 25% de las Sociedad de Navegación Petrolera (SONAP). Posteriormente, en 1981 adquirió un 25% adicional, con lo que pasó a controlar mayoritariamente dicha sociedad, que fue vendida el año 1985.
En 1974, NISA adquirió el 17,5% de la Compañía Marítima de Punta Arenas S.A. (COMAPA), la cual pasó a controlar mayoritariamente en 1976. A través de esta misma empresa NISA Navegación S.A maneja hoy día sus negocios en la Patagonia Chileno y Argentina.
En 1979, NISA inició un proceso de diversificación de sus actividades hacia otras áreas del transporte marítimo y en la actualidad agrupa una serie de empresas líderes en los sectores naviero y turismo.